Nissen Shōnin urodził się 1 kwietnia 1817 roku (14. rok ery Bunka) w Ubayana-chō, na zachód od Takoyakushi Muromachi w Kioto. Jego ojcem był Jōki Ōji, a matką Sumi (później przemianowana na Kuni). W dzieciństwie nosił imię Senjirō. Pochodził z rodziny o wielkich tradycjach literackich, a już od najmłodszych lat wykazywał niezwykły talent w kaligrafii, malarstwie i poezji. W wieku dziesięciu lat jego zdolności zostały uznane i uwzględnione w corocznym almanachu artystycznym Kioto. W wieku 25 lat udowodnił swój niezwykły talent literacki, wygłaszając wykłady na temat Opowieści o Genji w rezydencji arystokraty Arikoto Chigusa.
Gdy miał 26 lat, śmierć ukochanej matki pogrążyła go w głębokim smutku, co jeszcze bardziej rozbudziło jego zainteresowanie buddyzmem. Choć badał różne nauki religijne, żadna nie zaspokajała jego duchowych poszukiwań. W międzyczasie prowadził prywatną szkołę, w której uczył kaligrafii i poezji.
W 1845 roku (2. rok ery Kōka), w wieku 29 lat, Nissen Shōnin zorganizował wystawę swojej kaligrafii w Chōon-in, tacchū (podświątyni) na terenie świątyni Honno-ji, należącej do sekty Honmon Hokke-shū. Podczas tego wydarzenia spotkał się z przeorem Chōon-in, czcigodnym Zuikōin Nichiō Shūdenem, który zapoznał go z głębokimi naukami Sutry Lotosu. Poruszony tym spotkaniem, Nissen Shōnin całkowicie oddał się wierze i wkrótce stał się oddanym uczniem, studiując pod kierunkiem Nichijō, przeora Honno-ji.
W miarę jak jego oddanie Sutrze Lotosu rosło, Nissen Shōnin podjął decyzję o przyjęciu święceń kapłańskich. 28 kwietnia 1848 roku (1. rok ery Kaei) otrzymał tonsurę od czcigodnego Mujaku Nichiyō w świątyni Ryūsen-ji w Tsuimura na wyspie Awaji, oficjalnie zostając kapłanem buddyjskim w wieku 32 lat.
Po święceniach dążył do dalszego studiowania w Danrin, prestiżowej akademii buddyjskiej w świątyni Honkō-ji w Amagasaki. Jednak jego rosnąca sława wzbudziła zazdrość, co doprowadziło do jego wykluczenia. Nie zrażony tym niepowodzeniem, Nissen Shōnin postanowił szerzyć nauki Sutry Lotosu poza murami instytucjonalnego buddyzmu, poświęcając się propagowaniu wiary wśród zwykłych ludzi.
W 1850 roku (3. rok ery Kaei) w rezydencji Miyawaki Takamatsu w prowincji Sanuki (obecnie prefektura Kagawa) wybuchł spór doktrynalny w sekcie Honmon Hokke-shū. Debata, zapoczątkowana przez różnicę zdań między arystokratą Yoriake Matsudairą a mnichem Shushinem, dotyczyła doktryny Sanzujōfu (*1). Nissen Shōnin, wraz z progresywnymi mnichami Nichijō, Nichiō i Nichiyō, bronił zasady, że osiągnięcie stanu Buddy jest możliwe jedynie poprzez świadome, werbalne recytowanie Odaimoku (Namu Myōhō Renge Kyō) przez ludzi. Było to sprzeczne z coraz bardziej popularnym przekonaniem, że samo przekazywanie zasługi z recytacji sutry na rzecz innych istot wystarcza do osiągnięcia oświecenia. Ponieważ sporu nie udało się rozwiązać w ramach sekty, Nissen Shōnin podjął decydujący krok—założenie Honmon Butsuryū Kō, poprzedniczki Honmon Butsuryū Shū, w celu zachowania czystych nauk przekazywanych od Nichirena i Nichiryū Shōnina.
12 stycznia 1857 roku (4. rok ery Ansei) Nissen Shōnin oficjalnie założył Honmon Butsuryū Kō w rezydencji swojego wyznawcy, Asashichi Tanigawy, w Happondō, na południe od Shimmachi Takoyakushi w Kioto. Początki ruchu były skromne, z zaledwie garstką oddanych wyznawców.
Pomimo nieustających prześladowań—w tym oszczerstw, sprzeciwu ze strony duchowieństwa i mieszkańców oraz trzykrotnego uwięzienia—Nissen Shōnin pozostał niezłomny. Widoczne błogosławieństwa i duchowe korzyści, jakich doświadczali jego wyznawcy, przyczyniły się do szybkiego rozwoju ruchu.
W 1878 roku (11. rok ery Meiji) Nissen Shōnin ustanowił Myōkō Ichiza, unikalny system rytuałów i doktryn, który ucieleśniał autentyczne nauki Nichirena i Nichiryū Shōnina. W 1881 roku (14. rok ery Meiji), podczas 600. rocznicy śmierci Nichirena Shōnina, odprawionej w Yūsei-ji shinkaijō (poprzedniczce obecnej głównej świątyni HBS, Yūsei-ji), zgromadziło się 15 000 wiernych. W 1883 roku (16. rok ery Meiji), po mianowaniu swojego następcy Nichimona Shōnina na przeora Yūsei-ji, Nissen Shōnin przeniósł się do swojej prywatnej rezydencji przy Fuyachō Ayakōji, gdzie poświęcił się szkoleniu uczniów.
17 lipca 1890 roku (23. rok ery Meiji), podczas podróży łodzią rzeką Yodo do Tamae Group Dōjō w Osace, Nissen Shōnin zatrzymał się w herbaciarni Iroku Mority w Moriguchi, aby odpocząć od upału. Pod wieczór pojawiły się oznaki zbliżającego się odejścia. Około godziny 17:25, w stanie pełnego spokoju, osiągnął parinirwanę w wieku 74 lat. Jego ciało zostało przewiezione do Tamae Group Dōjō, gdzie odbyło się czuwanie. 5 sierpnia w Yūsei-ji odbył się jego wielki pogrzeb, w którym uczestniczyło ponad 2 000 osób.
(*1) Kontrowersja Sanzujōfu – Debata o Osiągnięciu Stanu Buddy w Trzech Niższych Sferach
Tradycyjnie nauki buddyjskie wskazują, że osiągnięcie stanu Buddy wymaga kroczenia ścieżką Bodhisattwy—samodzielnego recytowania Odaimoku i zachęcania innych do tego samego. Jednakże pojawiło się błędne przekonanie, że nawet zwierzęta, takie jak psy i koty, mogą osiągnąć oświecenie, jeśli ktoś inny recytuje za nie Sutrę Lotosu i przekazuje im zasługi.
Ta błędna interpretacja pochodziła od skorumpowanych mnichów tamtych czasów, którzy koncentrowali się wyłącznie na odprawianiu ceremonii dla zmarłych, zaniedbując duchowe zbawienie żyjących. Nissen Shōnin stanowczo sprzeciwił się tej herezji, podkreślając, że tylko świadome recytowanie Odaimoku jest prawdziwą drogą do oświecenia.
